Почему на некоторых страницах моего флипбука есть лишние пустые места

Потому что размер ваших страниц PDF непостоянен.

В главном окне выберите [Настройки]. Войти «растягивание страницы» в строке поиска и найдите его. Затем включите [Растягивание страницы] кнопка.